Ambos os jogos da série Primal Hearts contam a história de estudantes da Academia Ainoshima. Esse colégio de elite possui uma tradição de ter dois conselhos estudantis e obviamente eles acabam vivendo em pé de guerra, tentando fazer com que suas propostas sejam mais aceitas pelo corpo discente.
Cada jogo envolve um novo rapaz que acaba de entrar no colégio e pode causar grandes mudanças na disputa de poder dos dois conselhos. Confira a abertura do primeiro jogo:
