Hira Hira Hihiru é uma visual novel que se passa em uma espécie de Era Taisho (entre 1912 e 1926) alternativa. Nesse mundo, algumas pessoas voltam dos mortos com dificuldades de cognição, memória e entendimento, transformando-se no que os japoneses passaram a chamar de "hihiru". Cientificamente falando, essa condição foi estudada e passou a ser chamada de Aerodema.
No meio da era Taisho, o Dr. Shūhei Katori tenta buscar uma forma de melhorar as condições de vida dos pacientes com esse problema. A história então acompanha um assistente desse médico, o jovem Masamitsu Chigusa, e um estudante cuja vida não era afetada pelos Aerodemas até então.