9th Sentinel Sisters se passa após a civilização humana ter sido destruída por uma invasão alienígena de um meteorito que havia caído na Terra 10.000 anos atrás. Um pequeno grupo de sobreviventes montou um abrigo chamado "Ark" e depois criaram suas próprias armas para tentar retomar o planeta.
Cabe ao jogador agora controlar uma soldado clone no controle de uma arma chamada Father para lutar contra as forças alienígenas. No momento, o jogo conta com 3 personagens jogáveis, 16 variações de armas e 37 "partes de reforço", permitindo ao jogador montar sua estratégia para lidar com os inimigos nas fases.
