SaGa Emerald Beyond promete 17 mundos únicos interconectados através de uma área chamada de "Beyond" e cinco perspectivas de protagonistas diferentes. Como tradicional da série, a progressão da história pode variar drasticamente de acordo com as ações do jogador.
Os protagonistas também foram apresentados em um post no blog da empresa. O primeiro deles é Tsunanori Mido, um homem capaz de manipular marionetes animadas também conhecidas como "kugutsu". Descendente da família Mido de Miyako City, ele parte em uma jornada para encontrar quatro espíritos elementais a fim de restaurar o equilíbrio da região após uma grande guerra ter destruído a sua ordem social e espiritual.
Já Ameya Aisling é uma bruxa-em-treinamento que vive em segredo em Miyako City como uma estudante chamada Yumeha Izumi junto com seu familiar gato, LoLo. Após ser atacada por um homem misterioso, ela perde seus poderes mágicos e precisa encontrar uma forma de recuperá-los.
Siugnas é um vampiro que comanda o Yomi, um mundo dominado pelas trevas. Após ser traído, ele acorda em Brighthome, área para a qual os guerreiros mortos vão. Agora ele terá que recuperar seus poderes enquanto serve ao Rei Din como parte de seu exército.
Diva No.5 é uma cantora mecanizada do mundo de Avalon. Embora tenha feito performances perfeitas e conquistado os corações de várias pessoas, um dia ela canta uma música proibida e acaba perdendo sua memória e habilidade vocal. Desesperada, ela abandona seu corpo, recebe um convite para se juntar à Sociedade para Exploração de Outros Mundos e decide seguir o grupo.
Por fim, Bonnie e Formina são uma dupla dinâmica de policiais e sua missão é investigar uma tentativa de assassinato ao presidente da ultra-avançada Capitol City. Agora elas terão que descobrir a verdade por trás desse incidente tendo apenas um misterioso item triangular e uma pessoa de interesse que afirma que o presidente é um traidor.
