Rusty Rabbit se passa em um futuro pós-apocalíptico no qual a humanidade abandonou o Planeta Terra como uma ruína coberta de neve. Agora, os coelhos "herdaram o planeta" e uma figura excêntrica entre eles chamada Stamp passa o tempo todo pilotando um robô chamado Junkster, coletando tranqueiras e mexendo com máquinas diversas.
Um dia, após cair nas áreas mais profundas do mundo, Stamp descobre um terminal com informações sobre o paradeiro de sua filha desaparecida e a verdade sobre o mundo. Cabe agora ao coelho explorar mais fundo as ruínas deixadas pela humanidade e desvendar os mistérios desse mundo. O jogo também inclui um sistema de progressão em que é possível melhorar as partes do seu robô com materiais coletados nas ruínas.
