Kuroinu 2 se passa 100 anos após a fundação da "Nação" por Vult, líder supremo do grupo de mercenários Kuroinu. Atualmente liderada pela Imperatriz Ladomira, a nação próspera às custas de corrupção e profanidades espalha as sementes da discórdia por toda a vizinhança.
Para acabar com o problema de uma vez por todas, um grupo de nações monta uma Aliança Sacra, mas eles não contavam com a grande habilidade do comandante das tropas de Ladomira, Derek Rondo, que também é conhecido como "a segunda vinda de Vult". Porém, assim como foi o caso de Vult, Derek esconde um desejo muito intenso de dominação que não será satisfeito apenas derrotando os inimigos: o rapaz também quer o trono de Ladomira para si.