Clover Day's Plus conta a história de um garotinho chamado Yuuto, que foi abandonado por seus pais em um orfanato britânico e posteriormente adotado por um comerciante que o levou para o Japão. No novo país ele cresceu com irmãs e amigas, mas dez anos depois, em meio a um turbilhão de hormônios e emoções, as amizades e laços criados parecem estar sendo colocados à prova com Yuuto tendo a oportunidade de se tornar mais do que amigo dessas garotas especiais em sua vida.
