Cerulean Days se passa em uma ilha chamada Inre que combina um clima ameno e um estilo de vida harmonioso com aspectos de modernidade. Porém, após um ataque biológico, um plano do governo é executado e as pessoas passam por um longo período de incerteza e desconexão com o mundo externo. A internet é removida e substituída por um outro sistema com restrições e as pessoas passam a se isolar.
Cabe ao jogador acompanhar as descobertas de Michael e Séverine sobre o que realmente aconteceu no ano trágico da ilha. Ao mesmo tempo, novas amizades e relações de afeto serão formadas em um lugar cheio de pessoas cujos corações estão em ruínas.
