Amarantus conta a história do jovem Arik que vive em um país explorado por um grande tirano. Após um ataque, ele é forçado a fugir de casa no meio da noite. A sua família é capturada e a sua casa queimada. Agora, ele se unirá a velhos amigos e estranhos em um esforço para derrubar o senhor nefasto que tudo comanda.
Além de toda a questão política da trama, as escolhas do jogador também terão levarão a relacionamentos com os seus aliados. Porém, um dos elementos principais da trama parece envolver a noção de decisões ruins e relacionamentos conturbados/desastrosos que talvez não acabem muito bem.
