Samurai Maiden conta a história de uma garota comum chamada Tsumugi, que um dia acaba tendo seu cotidiano escolar comum transformado completamente. Transportada para o período histórico do Sengoku (época de grandes lutas entre samurais e figuras históricas japonesas muito importantes), ela herda a lâmina do lendário Nobunaga Oda e assumirá o papel de samurai lutando contra uma horda de mortos-vivos que surgiu durante o incêndio no Templo Honnoji.
Tsumugi também será acompanhada por um grupo de ninjas chamadas "Gokage" durante a sua jornada. Cada uma delas é especializada em um estilo diferente de combate: Iyo usa uma variedade de ferramentas; Hagane tem um corpo mecânico; e Komimi possui jutsus especiais únicos. As personagens também podem ficar mais íntimas ao longo do jogo e liberar um poder especial ao se beijar.
Fonte: D3 Publisher (press release)