Soul Hackers 2 conta a história de uma agente da AION chamada Ringo, que decide resgatar alguns Devil Summoners da morte certa. Esse grupo inclui os personagens Arrow e Milady, assim como Saizo. Advindos de grupos diferentes, esses personagens terão que aprender a trabalhar em equipe para evitar o iminente Apocalipse. Além de Ringo e Figue, há cerca de duas semanas, havia sido divulgado um vídeo para Saizo.
Saizo é um Devil Summoner freelancer sem fidelidade a nenhum grupo. Após ser ressucitado pela Ringo, ele decide acompanhá-la, mas tem um objetivo pessoal a cumprir. Ele acaba servindo como mediador durante as disputas entre Arrow e Milady. Ele tem vantagem no uso de técnicas de Gun e Force, com alta agilidade e boa variedade de suportes.
Já Ringo e Figue são agentes da AION, uma entidade digital senciente. Ringo se tornou paticularmente interessada na cultura humana e acaba se envolvendo em reviver três Devil Summoners que iam ser mortos. Ela possui afinidade com eletricidade e alto poder físico. Já Figue não participa diretamente dos combates, mas realiza tarefas de reconhecimento com o auxílio de Mimi, um drone no formato de coruja. Ele também poderá ser controlado pelo jogador para acessar áreas de difícil alcance.