Faraday Protocol se passa em um mundo futurista estéril. Após sair de sua espaçonave, porém, o jogador acaba encontrando um ambiente orgânico que se assemelha a uma floresta e prédios cujo tom distoam desse ambiente. Cabe ao jogador explorar esses locais, obter mensagens gravadas e descobrir os segredos escondidos nesses lugares.
As correções incluem ajustes para fazer os segmentos de plataforma funcionarem melhor, o que era uma das principais reclamações dos jogadores. Para isso, os desenvolvedores redesenharam e modificaram totalmente algumas áreas. Alguns puzzles foram até totalmente substituídos por outros. Outras melhorias incluem a correção de problemas de softlock (quando o jogador fica impossibilitado de avançar na história ao realizar determinada ação).
Fonte: Deck 13 (press release)