O jogo é descrito da seguinte forma pela empresa:
Em Atelier Sophie 2: The Alchemist of the Mysterious Dream, os jogadores irão acompanhar Sophie Neuenmuller na busca por sua amiga Plachta em um mundo misterioso que parece um sonho e é chamado de Erde Wiege. Conforme Sophie faz novas amizades na cidade, ela parte em busca de sua melhor amiga Plachta, que está desaparecida.
Infelizmente, ao invés de encontrar Plachta, a equipe de Sophie descobre um buraco espacial que os leva a um local misterioso sem nenhuma pessoa por perto. Quando eles decidem desistir da busca e voltar à cidade, Sophie ouve uma voz familiar, mas antes de conseguir investigar, o grupo é atacado por um dragão de água. Felizmente, graças à chegada da aspirante a alquimista Ramizel e o ex-cavaleiro Diebold, eles se salvam por pouco do perigo.
Conforme continuam a exploração dessa misteriosa região, eles encontram Elvira, a deusa que criou Erde Wiege. Agora, Sophie finalmente se reúne com Plachta, mas sua amiga parece estar sem vida. Será que Elvira sabe o segredo por trás do estado de Plachta?
Fonte: Koei Tecmo (Youtube)
