Honey*Honey*Honey se passa em um mundo no qual é ilegal que homens e mulheres se aproximem. Como forma de evitar o assédio sexual, até mesmo namorar depende de obter autorização legal. Nesse contexto, o protagonista tem a chance de se relacionar com três personagens, cada uma com sua própria rota de história.
O rapaz poderá se relacionar com a presidente do clube de auditoria romântica Tsukasa Tono, a caloura Arika Chikamori que é ferrenha opositora do regime de segregação, e a professora Miyuki Mitsumine. Vale destacar também que as ilustrações são de autoria de Itsuki Ozora, que também foi o principal responsável pelas artes de Marco & The Galaxy Dragon.
